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在《瘟疫公司》裡，病毒不會主動擴散，靠區域內的人被感染之後到別國旅行才能擴散出去帶到世界各地。而病毒本身可以進化，病毒感染的人越多，玩家就會得到更多的病毒點數，然後在天賦樹上點出更惡毒的致病基因，使得病毒更不容易被毉生發現，致死率更高，傳播更迅猛。
有些瘟疫種類是需要花錢買的，這是遊戯的收入模式。其中又以潛伏屬性非常重要，因爲毉生一旦在病毒爆發之前發現它，就會制作疫苗、隔離疫區等等，使得病毒胎死腹中。然後是難度選擇，最高難度的毉生從不下班，而且執行最嚴格的檢疫標準。
剝下所有的包裝來看，其掛機機制可以拆分成兩條線，第一是成長，第二是擴張。成長是由玩家手動操作+隨機的，系統有時候會在
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